En dichas semifinales cayó derrotado por la mínima frente al Sevilla tras vencer en Pamplona 1-0 y perder en Sevilla 2-0. El Sevilla se proclamó a la postre campeón del torneo. El 12 de abril, el Osasuna volvió a hacer historia al acceder a las semifinales después de eliminar al Bayer 04 Leverkusen con los resultados de 0-3 en Alemania y 1-0 en Pamplona. Finalmente, el equipo rojillo se metió en dicha fase de ascenso como 6.º clasificado de potra, gracias a su victoria en Oviedo y otros resultados favorables, pues no dependía de sí mismo. En la segunda vuelta el Osasuna pasa por una mala racha de resultados en alguna parte de la misma. Fueron inauguradas bajo la presidencia de Fermín Ezcurra, con una superficie de 80.000 metros cuadrados, completando así una vieja pretensión del club con el fin de trabajar con la cantera. Durante la temporada, destacaron los nombres de los renacidos capitanes Roberto Torres -quien destacó en su faceta goleadora nombrándose pichichi del equipo- y Oier Sanjurjo que muchos dieron por defenestrados tras las campañas anteriores, así como el fichaje estrella de Rubén García -máximo asistente de la liga-, camisetas de futbol baratas lo que llevó a destacar también el buen hacer de la faceta de planificación deportiva en la vieja capital del río Arga.
Las celebraciones se alargaron durante el día siguiente con recorrido por las calles en autobús descapotable y visitas institucionales y religiosas. Su mejor actuación se produjo en la citada 2006-07 en la Copa UEFA, a la que accedió tras caer en la fase de clasificación previa de la Liga de Campeones, donde fue eliminado en las semifinales por el Sevilla Fútbol Club por un 2-1 global. Actualmente, el club rojillo cuenta con un nuevo equipo de fútbol femenino denominado Fundación Osasuna Femenino, que compite en la Reto Iberdrola, segunda categoría de fútbol nacional. Cuenta de acceso a los servicios gratuitos de Diario de Navarra. Es el único club de fútbol de Navarra que ha estado tanto en Primera como en Segunda División. La temporada en la Segunda División comenzó bien para el Osasuna ya que venció por (2-0) al F. C. Barcelona B y se colocó líder, y en la segunda jornada logró sacar un empate de Zaragoza con un (1-1) frente al Real Zaragoza. Tras esta victoria contra el Elche CF llegaron dos derrotas consecutivas y volvió a ganar en la jornada 8 en La Rosaleda por (0-1). En la jornada 9 el equipo rojillo logra un meritorio empate ante el Barcelona (0-0). A partir de esa jornada logra 14 puntos más en la primera vuelta y acaba esta en 13.ª posición.
El CA Osasuna comienza la temporada perdiendo los 4 primeros partidos hasta ganar en la quinta jornada al Elche CF por (2-1). Antes, en la tercera jornada, el Osasuna pierde por (0-3) en El Sadar frente al Villarreal CF, una derrota que acabó con la destitución de José Luis Mendilibar y con la contratación de Javi Gracia como entrenador. En la jornada 8° el equipo ganó su primer partido contra el SD Eibar (2-3). Tras la mala dinámica Enrique Martín fue cesado en la jornada 11° tras dejar al club en los puestos de descenso con 7 puntos . En denuncia de esa situación y después de la derrota en el partido jugado contra el Real Madrid en enero de 2009 en el que dejaron de señalarse dos penaltis a su favor. Finalmente, tras empatar (2-2) frente al CE Sabadell, el Osasuna se mantuvo en Segunda División, eso sí, el Osasuna sufrió mucho puesto que llegado el descanso el conjunto navarro perdía por (2-0) y el Real Racing Club de Santander ganaba (0-1) al Albacete Balompié, resultado con el concluyó ese encuentro, y en la segunda parte, el Osasuna, consiguió remontar el partido, y con el (2-2) que conseguía Javier Flaño para el equipo rojillo, se desató la locura para el Osasuna.